Çanakkalespor, 1966 yılında üç amatör kulübün (Boğazspor, Türkgücü, Kalespor) birleşmesiyle, Kırmızı-Beyazlı renklerle kuruldu ve aynı yıl profesyonel olarak 3. Türkiye FutboL Lig'inde mücadele etmeye başladı. Çanakkalespor adıyLa 1981-1982 sezonunda şampiyon olarak bir yıL 2.Lig'de mücadele etti ve aynı yıl tekrar 3. lig'e düştü. Daha sonra 1986-1987 futbol sezonunda yeniden 2. Türkiye Lig'ine terfi eden Çanakkalespor bir yıl sonra tekrar 3. Lig'e düştü. 1991 yılında bugünkü Çanakkale Dardanelspor ismini almıştır.
Karşılaşmalarını 15,000 kişilik (12,500 koltuklu) 18 Mart Stadı'nda oynar. Özellikle futbol dalında ülkemize bir çok önemli futbolcuyu yetiştiren Çanakkale Dardanelspor, Okan Koç, Tamer Tuna, Mehmet Yılmaz, Tolga Seyhan, Gökhan Zan, Mehmet Çoğum, Hasan Kabze, Erman Özgür , Mehmet Topal gibi isimleri Türk futboluna kazandırmıştır. Çanakkale Dardanelspor 1992-93 sezonunda 3.lig takımı olarak Türkiye Kupası'nda Ankaragücü ve Samsunspor gibi 1. lig takımlarını geçerek çeyrek finale kadar yükselmiş, Galatasaray ile oynadığı turu geçememiş ve elenmişti. Bu başarısı ile Türk kamuoyunun büyük sempatisini toplamıştır. İlerki yıllarda 2.lige yükselen Çanakkale Dardanelspor iki sezon playoffa kalırken, 1. lige bir adım kala final karşılaşmalarında kaybediyordu. 1996-1997 sezonundan itibaren 1. ligde oynamaya başladı. Kurduğu güçlü kadrosuyla üç mevsim boyunca 1. ligde kalmayı başardı. 1998-1999 sezonuna iyi bir başlangıç yapamayınca Çanakkale Dardanelspor 2. lige düştü. 1999-2000 sezonunda 2. lig yükselme grubunda oynadı, 2000-2001 sezonunda ertesi yıl lig sistemi değişeceğinden oynan grup karşılaşmaları sonunda bir sonraki sezon için 2. lig A klasmanına katılmaya hak kazandı. A klasmanında dört sezon oynadıktan sonra 2005-2006 yılında bir alt kümeye düştü.Şu anda İddaa Lig B'de 1.Grup'ta yer almaktadır.